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現生的藻礁可見於加勒比海、印度洋-太平洋海域的小島、加拿大東部、英國和挪威之間的淺海域、地中海、澳洲西部潟湖內等地。
在臺灣,藻礁的分布區域僅存於新北市的三芝及石門、桃園、恆春半島風吹砂一帶。其中,桃園綿延27公里的海岸線內有許多的藻礁地景,可見其珍貴性。形成此特殊地景的原因眾多,首先是沿海的礫石灘地提供穩固的生長基質是關鍵因素之一,再加上所處海域水質較為混濁、水溫較低,所以沒有來自生長快速的珊瑚競爭,因此藻礁才能在此生長繁衍,經過數千年終於造就出世界少有的地質和自然生態景觀。